در سال 2001 و در پی اقدامات مبارزان فلسطینی، دولت شارون عرفات را بيش از پيش در مقر فرماندهی اش در رام الله محصور و منزوی ساخت. عرفات در اين مدت اجازه نداشت از مقر خود در رام الله خارج شود و حصر او تا زمان انتقالش به بيمارستانی در فرانسه ادامه داشت. وی دوازده روز پس از خروج از رام الله در همين بيمارستان درگذشت. در مورد مرگ عرفات شایعات بسیاری منتشر شد. پزشک مخصوص عرفات عنوان کرد که وی بر اثر تزریق ویروس ایدز جان باخته؛ اما بعدها با تغییر عقیده اش گفت که مرگ عرفات به خاطر مسمومیت بوده است.